Wie man eine FASTA-Datei auf einem Mac

Die FASTA-Datei-Format ist ein textbasiertes Format Nukleotid und Peptid-Sequenzen mit einem Buchstaben-Codes dargestellt. Das Format stammt mit dem FASTA-Softwarepaket, das an der University of Virginia entwickelt wurde. Im FASTA-Format entwickelte sich zu einem Standard im Bereich der Bioinformatik. Es ist möglich das FASTA-Software-Paket herunterladen und erstellen und Vergleichen von Sequenzen auf Ihrem Mac-Computer.

Anweisungen

1 Laden Sie eine ausführbare Datei des FASTA für MacOS X (siehe Ressource 1) gebaut. Professor W. R. Pearson von der University of Virginia unterhält eine Website mit Quellcode und binäre ausführbare Dateien für mehrere Plattformen. Ab Februar 2012 ist die neueste binäre Version von FASTA für Mac OS X Fasta-35.4.11.macosxuniv.tar.gz.

2 Öffnen Sie ein Finder Fenster und navigieren Sie mit der linken Seitenleiste zu Ihrem Download-Ordner. Doppelklicken Sie auf die FASTA ausführbare Binärdatei, die Sie heruntergeladen haben. Das Entpacken und öffnen das Paket, um einen Unterordner mit dem Namen "Fasta-35.4.11" in Ihrem Download-Ordner erstellen.

3 Öffnen Sie ein Terminalfenster und navigieren Sie zu Ihrem Ordner "Downloads" von der Befehlszeile aus. Der Befehl im Terminal "cd Downloads" Wenn Sie die Standardeinstellungen des Systems verwenden. Geben Sie "cd Fasta-35.4.11" aus dem Ordner "Downloads" im FASTA-Ordner eingeben.

4 Geben Sie den Befehl "bin/fasta35 - Q seq/mgstm1.aa seq/prot_test.lseg" im Terminal-Fenster. Dadurch wird eine Prüfsequenz Abfrage gegen eine Test-Bibliothek ausgeführt. Wenn dieser Befehl richtig ausgeführt wird, sehen Sie eine Zusammenfassung der scan-Zeiten und Reihenfolge der Rückstände.

5 Stellen einer FASTA-Datei mit einem Texteditor, wie z. B. die TextEdit-Anwendung oder den vi-Befehl vom Terminal. Eine FASTA-Datei ist eine einfache Textdatei. Die erste Zeile der Datei enthalten muss ein ">" Zeichen, gefolgt von einer Sequenz-ID. Ihre FASTA-Datei sollte eine DNA-Sequenz auf die restlichen Zeilen enthalten.

Tipps & Warnungen

• Sie können jede Erweiterung für den Namen der FASTA-Datei verwenden, obwohl .fasta üblich ist.
• Enthält die erste Zeile Ihrer FASTA-Datei keine erste ">" Zeichen oder enthält keine geeignete Abfolge auf die restlichen Zeilen, das fasta35-Programm kann nicht es analysiert werden.